Genomic and Epigenomic Profiling of Ultra-short Cell-free DNA in Colorectal Cancer
- 주제(키워드) Colorectal cancer , Liquid biopsy , Cell-free DNA , Ultrashort cell-free DNA , Fragmentomics
- 발행기관 아주대학교 일반대학원
- 지도교수 박대찬
- 발행년도 2026
- 학위수여년월 2026. 8
- 학위명 석사
- 학과 및 전공 일반대학원 분자과학기술학과
- 실제URI http://www.dcollection.net/handler/ajou/000000036222
- 본문언어 영어
- 저작권 아주대학교 논문은 저작권에 의해 보호받습니다.
목차
I. Introduction 1
II. Methods 3
A. Library preparation and sequencing 3
B. Sequencing quality assessment 3
C. Data processing 3
D. Alignment and BAM processing 3
E. Fragment length distribution 4
F. Peak calling 4
G. SNP analysis 4
H. Mutational signature analysis 5
I. End motif analysis 5
III. Result 6
A. Study design and sample groups 6
B. Sequencing quality and adapter content 9
C. cfDNA fragment length distribution 14
D. Chromatin accessibility at cancer-associated loci 16
E. SNP analysis and cancer-associated variants 20
F. Mutational signature analysis 25
G. End motif analysis 35
IV. Discussion 41
V. Reference 44
VI. 국문 요약 47
