CGH와 FISH분석을 이용한 간암세포주에서 유전적 변화에 관한 연구
A study on the genetic alterations using the CGH and FISH analysis in HCC cell lines
- 발행기관 亞洲大學校 大學院
- 지도교수 金鉉主
- 발행년도 2004
- 학위수여년월 2005. 2
- 학위명 박사
- 학과 및 전공 일반대학원 학과간협동과정
- 본문언어 한국어
초록/요약
본 연구에서는 다섯 개의 한국인 간암세포주(SNU-354, 368, 387, 449와 475)를 대상으로 G-banding, CGH, FISH(whole chromosome painting& telomere specific FISH), gene specific PCR 및 CGH array 분석을 시행하였다. 모두 HBV infection 된 것이며 SNU-387을 제외한 나머지 세포주는 모두 남자이다. 한국인의 HCC 다섯 세포주에서 공통적으로 나타난 빈번한 염색체 이상 양상은 1번 장완의 일부(1q41-qter), 7번 전체, 8번 장완의 일부(8q23-qter)의 증폭과 4번 장완의 일부(4q13-qter), 16번 장완의 일부(16q21-qter), Y 염색체의 일부 손실(Yp11.3-q11.2) 및 염색체 재배열 이상이 있음을 알 수 있었다. CGH분석결과 특이점은 5개의 간암 세포주에서 1q의 증가(100%)와 여성 세포주(SNU-387)를 제외한 4개의 남성 세포주에서 Y 염색체의 p와 q arm에서 손실(100%)이 발견되었다. SNU-354, SNU-368, SNU-387, SNU-449 및 SNU-475 세포주에서의 핵형 파악을 통해 세포유전학적인 수준에서 한국인 간암발생 관련 염색체 이상 영역을 선별하였으며, 이를 통해 이상 염색체 영역에 존재하는 암유전자에 대한 특이적 이상양상을 발견하였다. 본 연구에서 조사된 다섯 세포주 모두에서 1q41-qter의 증폭과 남성 세포주 모두에서 Yp11.3-q11.2의 손실 및 재배열이상이 관찰되었다. 특히, Y염색체 특이적 유전자 PCR 및 CGH array 분석 결과로 확인된 Yp11.3-q11.2에 존재하는 유전자인 TSPY, XKRY, PRY, RRM, CDY1, YRRM2, SRY, ZFY 및 BPY1의 손실(mosaicism 손실포함)및 Y 염색체의 재배열은 Y 염색체의 특이적 유전자의 손상을 초래하여 남성에 있어 간암화(hepatocarcinogenesis)로 진행되는 데 중요한 역할을 할 것으로 사료된다.
more초록/요약
We have applied several molecular cytogenetic techniques including comparative genomic hybridization(CGH), fluorescence in situhybridization (FISH), and CGH array to analysis on recurrent chromosome alterations in the hepatitis B virus integrated Korean HCC cell lines, SNU-354, SNU-368, SNU-387, SNU-449, and SNU-475. Complex unbalanced chromosomal aberrations that could not be identified reliably by conventional cytogenetics in HCC cell lines were successfully resolved by CGH analysis. The CGH results were validated by FISH with chromosome specific probes. Several recurrent chromosomal abnormalities were identified in this study. The most common genomic alterations were the gains of 1q12-qter (80% of cases), 1q41-qter(100%), 7(80%), 8q12-qter(60%), 8q23-qter(80%) and 20q12-qter(60%) and the losses of 4q13-qter(60%), 16q12-qter(60%), 16q21-qter(80%), 13q12-q14.2(60%) and Yp11.3-q11.2(100%). The gain of genomic material was mainly observed in the Chromosomal subregion of 1q, and the loss was detected in subregion of Y chromosome. And CGH array analysis was also used to identify the cancer related specific genes. Decreases in copy numbers of TSPY, XKRY, PRY, RRM, CDY1 and YRRM2 (located on Yp and Yq) were observed. Our findings suggest that the loss of Y-chromosome-specific genes may have associated with the progression of hepatocellular carcinogenesis in male.
more목차
목차
국문요약 = Ⅰ
목차 = Ⅱ
List of Figures = Ⅲ
List of Tables = Ⅳ
Ⅰ. 서론 = 1
Ⅱ. 본론 = 4
A. 실험방법 = 4
1. 대상 = 4
2. 핵형분석 (karyotyping) = 4
3. CGH에 의한 염색체의 변이 양상 조사 = 4
4. FISH = 9
5. Y chromosome region specific PCR analysis = 11
6. CGH array = 12
B. 결과 = 13
1. 각 세포주의 분자 및 세포유전학적인 분석결과 = 13
2. PCR analysis for Y-Chromosome-Specific Genomic Loss = 20
3. CGH array analysis = 21
C. 고찰 = 22
Ⅲ. 결론 = 56
Ⅳ. 참고문헌 = 57
Abstract = 67
